blast比对软件怎么用
这篇文章主要介绍“blast比对软件怎么用”，在日常操作中，相信很多人在blast比对软件怎么用问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”blast比对软件怎么用”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！
blast比对软件大概是是短序列局部比对软件中最常用的一个了，但是其参数众多，一些参数一直没好好仔细研究过，如下：#### 增加blast比对结果信息
blast的-outfmt参数，使blastp -help即可查看每个输出格式的信息，如下所示：
***formattingoptions-outfmtalignmentviewoptions:0=pairwise,1=query-anchoredshowingidentities,2=query-anchorednoidentities,3=flatquery-anchoredshowingidentities,4=flatquery-anchorednoidentities,5=blastxml,6=tabular,7=tabularwithcommentlines,8=seqalign(textasn.1),9=seqalign(binaryasn.1),10=comma-separatedvalues,11=blastarchive(asn.1),12=seqalign(json),13=multiple-fileblastjson,14=multiple-fileblastxml2,15=single-fileblastjson,16=single-fileblastxml2,18=organismreportoptions6,7and10canbeadditionallyconfiguredtoproduceacustomformatspecifiedbyspacedelimitedformatspecifiers.thesupportedformatspecifiersare:qseqidmeansqueryseq-idqgimeansquerygiqaccmeansqueryaccesionqaccvermeansqueryaccesion.versionqlenmeansquerysequencelengthsseqidmeanssubjectseq-idsallseqidmeansallsubjectseq-id(s),separatedbya';'sgimeanssubjectgisallgimeansallsubjectgissaccmeanssubjectaccessionsaccvermeanssubjectaccession.versionsallaccmeansallsubjectaccessionsslenmeanssubjectsequencelengthqstartmeansstartofalignmentinqueryqendmeansendofalignmentinquerysstartmeansstartofalignmentinsubjectsendmeansendofalignmentinsubjectqseqmeansalignedpartofquerysequencesseqmeansalignedpartofsubjectsequenceevaluemeansexpectvaluebitscoremeansbitscorescoremeansrawscorelengthmeansalignmentlengthpidentmeanspercentageofidenticalmatchesnidentmeansnumberofidenticalmatchesmismatchmeansnumberofmismatchespositivemeansnumberofpositive-scoringmatchesgapopenmeansnumberofgapopeningsgapsmeanstotalnumberofgapspposmeanspercentageofpositive-scoringmatchesframesmeansqueryandsubjectframesseparatedbya'/'qframemeansqueryframesframemeanssubjectframebtopmeansblasttracebackoperations(btop)staxidmeanssubjecttaxonomyidsscinamemeanssubjectscientificnamescomnamemeanssubjectcommonnamesblastnamemeanssubjectblastnamesskingdommeanssubjectsuperkingdomstaxidsmeansuniquesubjecttaxonomyid(s),separatedbya';'(innumericalorder)sscinamesmeansuniquesubjectscientificname(s),separatedbya';'scomnamesmeansuniquesubjectcommonname(s),separatedbya';'sblastnamesmeansuniquesubjectblastname(s),separatedbya';'(inalphabeticalorder)sskingdomsmeansuniquesubjectsuperkingdom(s),separatedbya';'(inalphabeticalorder)stitlemeanssubjecttitlesalltitlesmeansallsubjecttitle(s),separatedbya'<>'sstrandmeanssubjectstrandqcovsmeansquerycoveragepersubjectqcovhspmeansquerycoverageperhspqcovusmeansquerycoverageperuniquesubject(blastnonly)
其实我们一般常用的就是-outfmt 5或者-outfmt 6，前者输出xml格式，后者输出tab分割格式；前者信息比较全，用处也相对比较广，而后者则是平时最为常用的格式（也是一些软件喜欢调用的格式）
tab格式每列信息如下（可以对照上面的说明理解一下）：
qseqidsseqidpidentlengthmismatchgapopenqstartqendsstartsendevaluebitscore
但我们有时想要的并不止上述12列信息，比如我还想知道比对结果的覆盖度信息（qcovs：query coverage per subject）
其实只要在blast比对命令中先事先加上需要增加的列id即可，如在outfmt 6基础上加上覆盖度信息：
-outfmt"6qseqidsseqidpidentlengthmismatchgapopenqstartqendsstartsendevaluebitscoreqcovs"
注：需要几列就一直往上加即可，空格分割
到此，关于“blast比对软件怎么用”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注恰卡编程网网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！
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