docker怎么实现samtools截取基因组序列-亚博电竞手机版
docker怎么实现samtools截取基因组序列
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samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件（例如：转录组tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中bwa、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件）不可或缺的神器！
下载镜像并运行
安装好docker后，搜索我们恰卡编程网提供的docker镜像，其中便有安装好samtools软件的镜像。
$dockersearch恰卡编程网namedescriptionstarsofficialautomated恰卡编程网/gene-familygene-familyanalysisdockerimage2恰卡编程网/isoseq3isoseq3v3.3.0buildby恰卡编程网0恰卡编程网/bwabwav0.7.17buildby恰卡编程网0恰卡编程网/rnaseqrna-seqanalysisdockerimagebuildbyomics…0恰卡编程网/samtoolssamtoolsv1.10buildby恰卡编程网0恰卡编程网/biocontainer-basebiocontainersbaseimagecentos70恰卡编程网/blast-plusblast v2.9.00恰卡编程网/blastalllegacyblastallv2.2.260恰卡编程网/sratoolkitsratoolkitv2.10.3andasperav3.9.9.1778720
下载镜像。
$dockerpull恰卡编程网/samtoolsusingdefaulttag:latestlatest:pullingfrom恰卡编程网/samtoolsab5ef0e58194:alreadyexists417469905807:alreadyexistsed09842cc19f:alreadyexistsf860268ff83f:alreadyexistsf87dd41136a6:alreadyexists90091b4f5d91:alreadyexists6485f44fc594:pullingfslayerlatest:pullingfrom恰卡编程网/samtoolsab5ef0e58194:alreadyexists417469905807:alreadyexistsed09842cc19f:alreadyexistsf860268ff83f:alreadyexistsf87dd41136a6:alreadyexists90091b4f5d91:alreadyexists6485f44fc594:pullcompletedigest:sha256:e641dd5b9f60d8f9d01f0d109eff72d15836d0d59a753e3e35677b1200adc4a1status:downloadednewerimagefor恰卡编程网/samtools:latest
下载完成后可以检查一下。
$dockerimagesrepositorytagimageidcreatedsize恰卡编程网/samtoolslatest9373e18781bf8daysago2.04gb恰卡编程网/blast-pluslatest0220cac51a6e8daysago2.55gb
之后在电脑的d盘创建samtools文件夹，并粘贴需要的染色体fasta文件。如果docker是windows toolbox版本，需要挂载d盘到虚拟机，具体操作可参考 docker 工具安装（windows toolbox版本）详解版！
进入虚拟机。
$dockerrun--rm-v/d/samtools:/work-it恰卡编程网/samtools:latest#这里我使用的docker是windowstoolbox版本#######################################################欢迎使用组学大讲堂提供的docker镜像##问题交流请访问：www.恰卡编程网.com#######################################################linux新手建议学习课程：-->https://www.恰卡编程网.com/article/702搭建实验室生信分析平台与docker使用详情见课程：-->https://www.恰卡编程网.com/article/1181[root@0e9f42f25cc110:16:46/work]#
查看工作目录。
#lltotal117m-rwxrwxrwx11000ftp117mapr2310:19arabidopsis_thaliana.tair10.31.dna.toplevel.fa
samtools提取序列
samtools faidx 能够对fasta序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fasta文件，能够快速的提取任意区域的序列。用法：
samtoolsfaidxarabidopsis_thaliana.tair10.31.dna.toplevel.fa
该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外，其他行的长度必须相同。
>oneatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcat>twoanotherchromosomeatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgc
最后生成的.fai文件如下， 共5列，\t分隔；
pt15447846061mt36692415706160614185850565301046061219698289194249146061323459830394515116061526975502633023426061130427671907274396061
第一列 name：序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；
第二列 length：序列的长度，单位为bp；
第三列 offset：第一个碱基的偏移量，从0开始计数，换行符也统计进行；
第四列 linebases：除了最后一行外，其他代表序列的行的碱基数，单位为bp；
第五列 linewidth : 行宽，除了最后一行外，其他代表序列的行的长度，包括换行符，在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2；
最后指定要提取的序列或序列在染色体上的位置，即可提取出需要的序列：
samtoolsfaidxarabidopsis_thaliana.tair10.31.dna.toplevel.fapt>pt.fa#提取叶绿体序列samtoolsfaidxarabidopsis_thaliana.tair10.31.dna.toplevel.fapt:100-1000>pt.fa#提取叶绿体第100到1000碱基的序列
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